Badan Eksekutif Mahasiwa (BEM) adalah lembaga  yang merupakan organisasi kemahasiswaan tertinggi di AMA Yogyakarta. BEM adalah Organisasi yang diresmikan secara formal pada tanggal 16 Juni 2012 yang didirikan menggantikan peran Organisasi Kemahasiswaan HMMA (Himpunan Mahasiswa Manajemen Administrasi). Organisasi ini berazaskan Pancasila dan bersifat mengikat seluruh mahasiswa AMA Yogyakarta  sehingga Anggota BEM adalah seluruh mahasiswa AMA Yogyakarta. Badan Eksekutif Mahasiswa bertujuan untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia seluruh anggota mahasiswa program studi Manajemen Administrasi AMA Yogyakarta, serta terwujudnya kesadaran, kecakapan, dan tanggung Jawab.

Ketua Umum BEM AMA Yogyakarta: